1948年秋天，国民党政府行政院（政府的行政机构）向故宫博物院院长马衡下达了一道紧急命令，要求后者为北平故宫博物院的文物精品编制一份名单并配以详细说明，同时准备安排这些文物用飞机分批运往南京。此时的国民党政府正在制定预备方案，打算从中国东海岸撤退到台湾岛。国民党的高级军官希望国宝都能聚集在南京，这样一旦需要，他们就可以把这些珍宝安全地带到台湾去。

    12月，故宫博物院理事会秘书、中央博物馆和中央图书馆的馆长杭立武电告马衡前往南京参加一个重要会议。马衡回电说自己身体不适不能出席会议。在马衡缺席的情况下，这次会议做出了决议：尽可能快地将珍宝运往台湾，任命杭立武负责运送工作。

文物运台，蒋介石拨款800万元

    杭立武没能取得马衡的合作，国民党政府不得不抛下紫禁城大量的皇家珍宝逃往台湾。他们撤退到台湾的时候只带走了南京所有藏品中的大约20％，包括1935年到1936年间在伦敦展出的那80箱精品。
 
    当时，所有的运输都由国民党军方控制。蒋介石很赞同文物运台的决定，专门拨出一笔800万元的款子用于这项计划。故宫工作者那志良细致地记录了这场大规模迁移的细节。本来计划共运送五次，不过实际只运了三次。总共有约4000箱珍贵文物运到了台湾。马衡的同事和老朋友庄严被指派护送第一次文物运输，这次运送包括了所有参加伦敦艺展的箱件。
 
    把珍宝箱件从存储地送到码头时相当混乱，庄严曾描述过这一情形：当时他和博物馆的工作人员还不知道船上给他们空出的地方有多大；码头工人有意拖延怠工，两个人能抬的箱子他们要三个人一起搬，后来甚至四个人一起搬，直到搬运工作几乎无法继续。1948年12月22日，庄严随同第一批文物乘坐“中鼎”轮从上海前往台湾北部的基隆港。他后来回忆了那次可怕的五日之旅，海面上波涛汹涌，装满奇珍的箱子在船舱内左右摇晃，每一次摇晃都伴随着几声狗吠。
 
    那志良参加了第二批文物运输。这次运送的文物包括来自中央博物馆和中央图书馆的珍贵图书。中日战争以后，杭立武向日本索回了很多珍贵的图书和艺术品，运往台湾的精品文物之中就有这部分图书和艺术品。那志良先生在1949年1月9日离开上海，搭乘的是商业性的招商局“海沪”轮。
 
    运送第三批文物的“昆仑”号于1949年1月29日离开港口，直到2月22日才到达基隆港，漫长的旅程让盼望货轮到达的工作人员等得心焦。庄严说这次运输包括了大部分1933年从北平运到南部的书籍，但“昆仑”号启航时还是在码头上留下了60个箱子。
 
    第四次运输还没有着手的时候，蒋介石就辞去了总统的职位，继任的李宗仁下令停止所有的文物运送。文物运台的行动中并没有美国船只加入，美国曾一度认为应该动用美国船只协助文物运台的行动。
 
    总共有3824箱文物被运到了台湾，仅是1933年从北平运至南方的所有箱子的五分之一，然而这五分之一却包括了大部分精品文物。其中绝大多数是举世无双的大幅挂轴画作，它们都出自唐宋时期的名家之手。而北平的故宫博物院则保留了一部分最重要的书法作品及小型手卷绘画作品。北平和台湾两处收藏存在这些差异的一个重要原因是：溥仪和溥杰离开紫禁城时夹带了部分皇家藏品，他们挑选的自然是最容易携带的物件——尤其是那些手卷和册页，由此便将大幅的挂轴画卷留下了，被国民党带到台湾去，最终成为台北故宫博物院的馆藏。
 
    据那志良说，在文物运台的过程中，很多箱件由于无法运送而不得不留了下来。比如像著名的秦代石鼓，在临出发时不得不把它放在了码头上，尽管都已经精心包装好了。
 
    国民党在即将逃往台湾的最后关头还奇迹般地获得了一些珍品。比如，1948年12月，杭立武和其他几个人正准备从成都乘坐最后一班飞机赶往台湾，艺术大师张大千提出了一个紧急请求。据杭立武的记载：
 
    他（张大千）匆忙中捡出七十余帧，请搭此机空运台湾，以保存国家文化。但那时飞机载重已达饱和，驾驶人员不答应再增加重量，在此情形下，我为保存重要文物，决定抛弃了我的行李三件，以换载张大千的国画。惟当时我提一条件，这批国画运到台湾后，请他赠予政府，张氏立表同意，当时就写了一张名片，作为赠送的证明。
 
    实际上，这些画最后是给了台湾的历史博物馆。
 
    三次运输的文物在台湾聚集成了一个新的收藏。最终它发展成为世界上最重要的艺术博物馆之一，拥有举世罕见的、最丰富的青铜器、书法、手卷画作、珍贵典籍等藏品。

台湾故宫博物院建立

    在台湾盘踞多年后，国民党当局才开始考虑找一个能和紫禁城的宫殿相媲美的地方来长期安置运到台湾的藏品。形势越来越明显，国民党撤退台湾之举已经不仅仅是一个暂避之策了，台湾当局开始为皇家珍宝筹划长期的安排。起初，存放宫廷珍宝的地址选在靠近台中的台湾中部高地地区，就在台中糖厂的两间库房里。到1949年4月，又新建了三个仓库。与此同时，工作人员又立即对文物进行了一次彻底的点查，并编制了一份“故宫运台文物清单”。打开箱子晾晒文物的做法很快也重新恢复了，这是文物当年存在中国西部的10年间养成的习惯，那时藏在山洞和庙里的文物每隔6个月就要打开晾晒一次。
 
    1953年，工作人员在存储藏品的仓库附近挖了一些山洞用来展出藏品。显而易见，这些文物急需一个条件好些的地方长期保存，因为山洞对这些文物来说太过潮湿了。1954年2月，亨利·卢斯（Henry Luce）来台湾访问并参观了这些皇家藏品。亨利·卢斯是美国《时代》和《生活》杂志的出版商，非常有钱，他同时也是蒋介石和国民党集团的热情支持者。在他的影响下，当时的美国新一届政府（和美国中央情报局）建立了一个亚洲基金会，这个基金会提供资金在台中郊区北沟建了一个小型博物馆。1957年，新建的小博物馆正式开放。